Nació en el Valle de Aráoz del Señorío de Oñate. La fecha es desconocida pero se sabe que fue entre los años 1511 y 1516. .Fue un conquistador rebelde español, paso al Perú poco después de su descubrimiento (hacia 1536), participo en la conquista y colonización de varios lugares, pero sobre todo se vio involucrado entre las luchas de colonizadores españoles; Primero en las guerras civiles entre Francisco Pizarro y Diego de Almagro (1537-1554) y, mas tarde apoyando al virrey Blasco luñez de Vela en la implantación de nuevas leyes contra la resistencia de parte de colonos, encabezados por Gonzalo Pizarro (1544-1546), Condenado por un juez a ser azotado públicamente por incumplir las leyes que protegían a los indios (1551), persiguió a dicho juez hasta darle muerte, Su fuga de la justicia en 1554, Al acogerse a la aministia concedida por Pedro de Alvarado a los que se alistaran para luchar contra la rebelión de Hernandez Giron.
En 1560 se embarco en la expedición de Pedro de Ursúa en busca de las legendarias tierras y riquezas del "EL DORADO", una flota con centenares de soldados decendio por los ríos Huallaga y Amazonas, sin encontrar rastros de riqueza alguna, el descontento consiguiente fue aprovechado por aguirre para formar un motín, asesinar a Ursúa y tomar el mando de la expedición ; en 1561 se rebelo contra el rey de España (a quien le hizo llegar una carta).
Murió el 27 de octubre de 1561 en la isla margarita, Venezuela .
